Com o objetivo de contribuir para a garantia dos direitos das comunidades quilombolas, a Comissão Pró-Índio de São Paulo se dedica a pesquisar e divulgar como esses direitos vêm sendo reconhecidos na legislação, implementados pelo governo e interpretados pelo Poder Judiciário.
São três as linhas de pesquisa e monitoramento:
Legislação - Desde 2002, semestralmente, a CPI-SP levanta e divulga em seu sítio eletrônico as disposições legais e regulamentares (federais e estaduais) referentes às comunidades quilombolas. O repertório apresenta também uma seção internacional dedicada à legislação de Colômbia, Equador e Nicarágua e aos instrumentos internacionais.
Terras de Quilombo - Em 2004, a CPI-SP iniciou o monitoramento dos processos de regularização de terras de quilombo em curso nas Superintendências Regionais do Incra. As informações obtidas são continuamente cadastradas em um banco de dados e se encontram acessíveis ao público para consulta por meio de diversas formas de busca no sítio eletrônico da CPI-SP.
Ações Judiciais - Desde 2005, a CPI-SP se dedica a levantar e estudar as ações judiciais que envolvem comunidades quilombolas no Brasil. A pesquisa inclui o levantamento e a análise das peças dos processos bem como o acompanhamento do andamento das ações. As informações são obtidas graças às colaborações de órgãos governamentais (federais e estaduais), do Ministério Público Federal e de diversas organizações não governamentais.